分子筛在深冷法生产高纯氢和CO工艺中是不可或缺的一部分。在典型的深冷法工艺中，由天然气重整得到的合成气（主要成分为H2和CO）首先通过一个吸附床，除去大部分的CO2。随后，饱含水汽的合成气(仍含有ppm级的CO2)再通过分子筛吸附床，水和CO2的含量被脱除到远小于1ppm的水平，这就保证了在接下去的深冷分离过程中，管道不会因水和CO2的结冰而堵塞。使用高吸附容量和长寿命的分子筛吸附剂，还有助于降低设备投资和操作费用。

         H2也可以采用分子筛吸附的方法来生产。含有H2和其他杂质气体的原料气，例如碳氢化合物，CO2和N2，通过分子筛吸附床，一般情况下，一个或数个吸附床处于吸附状态，而其他的吸附床则处于减压再生状态。高选择性的分子筛吸附剂可以将杂质的含量降低到相当低的水平，保证产出的H2气体的纯度达到99.9%以上。

        上海索易公司的E05和E10-APG分子筛产品即可使用在这一应用领域。